Prangli saarele asutati vallakool Jõelähtme mõisniku loal 1869. a. sügisel. Kooli tegelikuks organiseerijaks ja asutajaks oli Jõelähtme kirikuõpetaja Paul Loppenowe, kes noil aastail asutas peaaegu kõik selle kihelkonna vallakoolid ja kannab seega õigustatult Jõelähtme kihelkonna koolide isa nime. Esimeseks ja kauaaegseks koolmeistriks oli saare oma mees Johannes Preiholm, kes õpetas oma kodusaare lastele koolitarkust kuni 1890. aastani. Tema järglaseks sai Jaan Krönstöm - Mäe Jaan,kes pidas koolmeistri ametit kuni 1898. aastani. Järgmised kooliõpetajad olid väljaspoolt saart. Need olid: vennad Johannes ja Julius Heimbergid, Al-der Lepp, Hans Melles, Al-der Fildbach jt. Alguses peeti kooli talutares Uustalul. Preagune koolimaja on ehitatud 1900. aastal ja täidab omaülesandeid ka käesoleval ajal. Endisest vallakoolist sai Prangli Saarte Algkool, alul 4-,hiljem 6-klassiline.Üheks kauaaegsemaks koolijuhatajaks tol ajal oli Harry Jürimaa (Jüruman).
Prangli kooli reorganiseeriti:
1945. a. aastal Prangli Mittetäielikuks Keskkooliks;
1949. a. Prangli 7-klassiliseks Kooliks;
1962. a. 8-klassiliseks Kooliks;
1986. a. Prangli Põhikooliks.
Kooli juhatatasid:
Heino Kahro (1954 – 1986);
Helju Pärnamaa ( 1986 - 1992);
Kalev Põldsaar (1992 - 2003).
